C57BL/6小鼠 Inbred Strain H2 Haplotype b  *zui常用的近交系小鼠，它通常作為自發突變和誘導突變的背景品系。在眾多研究領域都有應用，如：心血管、發育生物學、糖尿病、肥胖、遺傳學、免疫學、神經生物學。也用于制作轉基因小鼠。總體上講，C57BL/6小鼠 容易飼養，壽命較長，腫瘤發生率較低。它還具有以下特點：可產生食物誘導的肥胖和動脈粥樣硬化；容易產生小眼畸形等其他身體畸形；不易發生聽源性癲癇；低骨密度；成長過程中有脫發現象；遲發型聽力喪失。它還是間進行小鼠基因組測序的DNA來源。  

BALB/c小鼠 Inbred Strain H2 Haplotype d BALB/c小鼠因其能使漿細胞雜交瘤在體內生長產生單克隆抗體而聞名，還可用于產生免疫后的脾細胞，進而與骨髓瘤細胞進行融合。但其用途不僅于生產單克隆抗體。晚年會發生原發性肺癌、腎癌等多種腫瘤而用于腫瘤學研究；也用于免疫學和炎癥的研究；還是常用的免疫缺陷動物裸小鼠和SCID鼠的背景品系；也用于神經生物學研究。  

DBA/2小鼠 Inbred Strain H2 Haplotype d  廣泛應用于多種領域，包括心血管、神經生物學等。它的特性經常與C57BL/6小鼠進行對比。它不易產生食物誘導的動脈粥樣硬化；它們從3-4周就開始出現聽力喪失，2-3個月時就較為嚴重了；年輕的DBA/2小鼠因為asp2突變而易發生聽源性癲癇，但成年以后發病率降低；老齡DBA/2小鼠漸進地發生眼睛異常，與人類青光眼非常類似；對酒精和嗎啡極度不耐受；缺乏CD94/NKG2A受體的表達。  

DBA/1小鼠 Inbred Strain H2 Haplotype q  被廣泛用作風濕性關節炎的模型：通過II型膠原蛋白的免疫可以誘發嚴重的多發性關節炎；通過飲食可以誘導大動脈的粥樣硬化；可以通過免疫誘導蛋白尿，血管球性腎炎。 

 CBA小鼠 Inbred Strain H2 Haplotype k  一種應用目的廣泛的小鼠。可用于研究自身免疫性甲狀腺炎；它不易產生飲食誘導的動脈粥樣硬化；晚年表現出輕微的聽力喪失；還會較高頻率地發生腎臟小管間質性損傷。  

C3H/He小鼠 Inbred Strain H2 Haplotype k  廣泛應用于多種領域，如癌癥，免疫與炎癥，感覺神經和心血管研究。C3H/He和其他許多亞系都是視網膜退化突變1（Pdc6brd1）的純合子，導致其斷奶以后逐漸失明。C3H具有較高的肝細胞瘤發生率。也有部分小鼠晚年會發生乳腺癌。在脂多糖response locus(后來鑒定為TLR-4)的突變Tlr4Lps-d使得它對內毒素有抵抗力。對革蘭氏陰性菌如沙門氏菌高度易感。   

SCID小鼠  攜帶同型純合子的重癥聯合免疫缺陷突變（Prkdcscid，通常稱為scid）的小鼠缺乏功能性T細胞和B細胞，并且血液中淋巴細胞減少，丙種球蛋白減少，但造血微環境是正常的。大多數的SCID鼠檢測不到IgM, IgG1, IgG2a, IgG2b, IgG3, 或IgA。胸腺、淋巴結和脾臟的濾泡中實際上缺乏淋巴細胞。SCID小鼠可以接受同種或異種移植物，使它成為細胞轉輸實驗的良好的模型動物。一些SCID小鼠會自發發生部分免疫反應，SCID小鼠血清Ig水平高于1ug/ml被稱為“leaky"。通過將SCID突變導入到不同的小鼠中，可以產生不同基因背景的SCID小鼠。如C57BL/6，BALB/cBy，C3H/He背景的SCID小鼠，以及NOD/ShiLtSz背景的NOD-SCID小鼠等。  封閉群（Closed colony）的正確概念是指引種于某親本或同源親本的動物，讓其不以近交形式，也不與群外動物雜交而繁衍的動物群，目的是要求整個群體盡量防止近親交配而保持著遺傳變異，也就是說既保持群體的一般特性，又保持動物的雜合性。封閉群是指動物的一個種群在五年以上不從外部引進新種，僅在固定場所的一定群體中保持繁殖的動物群。 

 ICR小鼠  以Swiss小鼠群培育而成，美國癌癥研究所分送各國飼養試驗，命名為ICR。是通用的封閉期小鼠。其特點為：白化，適應性強，體格健壯，繁殖力強，生長速度快，實驗重復性較好。ICR/JCL是進行免疫藥物篩選，復制病理模型較常用的實驗動物。外周血象和骨髓細胞，具有較好的穩定性，是良好的血液學實驗用動物。已廣泛用于藥理、毒理、腫瘤、放射性、食品、生物制品等的科研、生產和教學。 

 NIH小鼠  白色封閉期小鼠，由NIH培育而成，該品種小鼠體格健壯，繁殖力強，雄性好斗，容易打傷致殘。免疫反應敏感性比昆明小鼠強，是廣泛應用的實驗動物。常用于藥理、毒理研究和生物制品的檢定。 

 KM小鼠（昆明小鼠）  繁殖力強，對疾病的抵抗力強，適應性強。廣泛應用于藥理、毒理、微生物學研究。我國目前使用zui廣泛的實驗動物。